Hạt giống

Tổng cộng 96 đội chơi ở vòng loại đầu tiên. Lễ bốc thăm được tổ chức vào ngày 20 tháng 6 năm 2016.[4][16] (Lưu ý: Những con số cho mỗi đội đều được UEFA gán trước khi bốc thăm để xác định đội xếp hạt giống và đội không xếp hạt giống.)

Tóm tắt

Các trận lượt đi diễn ra vào các ngày 28 và 30 tháng 6 còn các trận lượt đi diễn ra vào các ngày 5, 6 và 7 tháng 7 năm 2016.

Các trận đấu

Midtjylland thắng với tổng tỷ số 2–0.

Heart of Midlothian thắng với tổng tỷ số 6–3.

Connah's Quay Nomads thắng với tổng tỷ số 1–0.

Ventspils thắng với tổng tỷ số 4–0.

Cork City thắng với tổng tỷ số 2–1.

Levadia Tallinn thắng với tổng tỷ số 3–1.

HJK thắng với tổng tỷ số 3–1.

IFK Göteborg thắng với tổng tỷ số 7–1.

Tổng tỷ số hòa 2–2. St Patrick's Athletic thắng nhờ có bàn thắng sân khách.

KR thắng với tổng tỷ số 8–1.

RoPS thắng với tổng tỷ số 3–1.

Brøndby thắng với tổng tỷ số 10–1.

Aberdeen thắng với tổng tỷ số 3–2.

Nõmme Kalju thắng với tổng tỷ số 5–3.

Dinamo Minsk thắng với tổng tỷ số 4–1.

Jelgava thắng với tổng tỷ số 5–4.

Shakhtyor Soligorsk thắng với tổng tỷ số 7–0.

AIK thắng với tổng tỷ số 4–0.

Cliftonville thắng với tổng tỷ số 3–1.

Odd thắng với tổng tỷ số 3–1.

Domžale thắng với tổng tỷ số 5–2.

Vojvodina thắng với tổng tỷ số 6–1.

AEK Larnaca thắng với tổng tỷ số 6–1.

Tổng tỷ số hòa 1–1. Shirak thắng với tỷ số 4–1 trên chấm luân lưu 11m.

Birkirkara thắng với tổng tỷ số 3–1.

Videoton thắng với tổng tỷ số 3–2.

Lokomotiva thắng với tổng tỷ số 7–2.

Europa FC thắng với tổng tỷ số 3–2.

Čukarički thắng với tổng tỷ số 6–3.

Budućnost Podgorica thắng với tổng tỷ số 2–1.

Hòa với tổng tỷ số 3–3. Zimbru Chișinău thắng nhờ bàn thắng sân khách.

Beitar Jerusalem thắng với tổng tỷ số 1–0.

Kukësi thắng với tổng tỷ số 2–1.

Neftçi Baku thắng với tổng tỷ số 3–2.

Admira Wacker Mödling thắng với tổng tỷ số 4–3.

Beroe Stara Zagora thắng với tổng tỷ số 2–0.

Debrecen thắng với tổng tỷ số 7–0.

Vaduz thắng với tổng tỷ số 5–2.

Maccabi Tel Aviv thắng với tổng tỷ số 4–0.

Gabala thắng với tổng tỷ số 6–3.

Kairat thắng với tổng tỷ số 6–0.

Spartak Trnava thắng với tổng tỷ số 6–0.

Omonia thắng với tổng tỷ số 5–1.

Shkëndija thắng với tổng tỷ số 4–1.

Zagłębie Lubin thắng với tổng tỷ số 3–1.

MTK Budapest thắng với tổng tỷ số 3–1.

Partizani Tirana thay thế Skënderbeu Korçë ở vòng loại Vòng loại thứ hai UEFA Champions League 2016–17 và Slovan Bratislava được vào thẳng vòng loại thứ hai UEFA Europa League vì Skënderbeu Korçë đã bị UEFA loại khỏi giải đấu.[15]

Kapaz thắng với tổng tỷ số 1–0.